L'expérience acquise dans le travail avec les personnes confrontées à des difficultés a conduit le CIS à développer le Centre d'évaluation pour l'assurance-invalidité (CEPAI). Le CEPAI offre des stages répondant aux mesures de réinsertion et de réadaptation professionnelle telles que définies dans la loi sur l'assurance-invalidité. Il est mandaté par les offices AI cantonaux.

Le CEPAI est installé actuellement dans le bâtiment du centre commercial Marly-Centre. Maîtres socioprofessionnels, pédagogue, formateur d'adulte, conseillère en santé et psychologue du travail y accueillent en permanence plus de 50 stagiaires pour des stages d'une durée de 3 mois chacun.

Le CEPAI offre 3 types de mesure:

• Les mesures de réinsertion socioprofessionnelle (MR) doivent permettre à des personnes souffrant d'affections psychiques de retrouver une capacité de travail au moins à mi-temps avec un rythme de travail en progression.
• Les mesures de réadaptation professionnelle visent la réinsertion dans le monde du travail. L'offre comprend l'évaluation, l'orientation professionnelle, la préparation à la reprise d'une activité et l'aide au placement.
• Les mesures d'intervention précoce (MIP). Il s'agit de prestations d'accompagnement individuel visant à prévenir l'invalidité des personnes en incapacité de travail.

Les compétences du personnel du CEPAI permettent d'accueillir aussi bien des assurés venant de l'agriculture, de l'artisanat, et de l'industrie que des assurés venant du secteur tertiaire.
En été 2012, le CEPAI va se rapprocher du siège du CIS et prendre ses quartiers dans un bâtiment spécialement transformé et aménagé à son intention,  Rte du Cousimbert 2.